Uhm non è proprio cosi semplice...
premesso che si corre il rischio di addentrarsi in soluzioni tra le più disparate ti scrivo la mia personalissima visione a riguarda prendila come esperienza e non come soluzione definitiva altri possono dare la loro visione/esperienza ma in sostanza:
se consideriamo i pre MXR m80 e m81 (ho avuto il primo ed sto usando il secondo) sono previsti per lavorare tra basso e input testata come un normale pedalino (non nella catena send return),
Funzionando come “normali” pedalini quando non sono attivati baypassono le funzioni (in pratica come non averli salvo uscita DI). Nel caso del M80 che ha il drive distorsione lo regoli dal pedale (equalizzazione miscelazione livello saturazione ecc ) e quando lo attivi andrai nel pre della testata (e quindi sarà nuovamente equalizzato) quindi non hai due canali distinti ma sei sempre in serie ed il pedale (effetto) lo attivi/disattivi quando vuoi.
Diverso ad esempio avere un preamp concepito per pilotare un finale di potenza o per entrare nel return di altra testata (di solito sono in formato rack), in questo caso il pre della testata (nel 90% dei casi) viene by passato del tutto, in pratica usi la testata come finale, anche in questo caso non hai due canali anzi è sempre uno solo...
Per fare come dici ovvero avere due canali con 2 preamp separati (esterno e testata) con la possibilità di selezionarli singolarmente o di miscelarli si aprano le più diverse possibilità (mixer, line selector ecc) e non sempre di semplice realizzazione, in altri post del Forum troverai le più svariate soluzioni.
Ma in pratica il mio consiglio è usare usare i pre a pedale per come sono stati concepiti ed in base alle loro funzionalità, ovvero avere qualcosa "in più" da dare al pre della testata non di sostituirlo...